kompletné človek genóm sekvencia dvoch X chromozómov a autozómov z bunkovej línie odvodenej od ženského tkaniva bola dokončená. To zahŕňa tých 8 %. genóm sekvencia, ktorá chýbala v pôvodnom návrhu, ktorý bol vydaný v roku 2001.
kompletné človek genóm Sekvencia celých 3.055 miliardy párov báz bola odhalená konzorciom Telomere-to-Telomere (T2T). To predstavuje najväčšie zlepšenie človek odkaz genóm vydané v roku 2001 Celera Genomics and the International Človek Genóm Sekvenčné konzorcium. To genóm sekvencia pokrývala väčšinu euchromatických oblastí, pričom buď vynechala heterochromatínové oblasti alebo chybné znázornenie. Tieto regióny tvoria 8 %. človek genóm to sa konečne ukázalo. Nová referencia T2T-CHM131 zahŕňa kompletnú sekvenciu pre všetkých 22 autozómov plus chromozóm X. Táto nová referenčná sekvencia tiež opravila početné chyby a pridala približne 200 miliónov bp nových sekvencií obsahujúcich 2,226 115 génových kópií, z ktorých sa predpokladá, že XNUMX kóduje proteín.
Súčasný referenčný genóm GRCh38.p13 bol výsledkom dvoch veľkých aktualizácií, jednej v roku 2013 a druhej v roku 2019 na sekvencii genómu Celera z roku 2001. Stále však mala 151 miliónov párov báz neznámej sekvencie distribuovaných po celom svete genómvrátane pericentromérnych a sub telomerických oblastí, duplikácií, polí génovej a ribozomálnej DNA (rDNA), z ktorých všetky sú nevyhnutné pre základné bunkové procesy. Nová referencia bola pomenovaná ako T2T-CHM13, pretože pochádza zo sekvenovania DNA z bunkovej línie CHM13 (Complete Hydatiform Mole) a vykonáva ju konzorcium T2T. Bunková línia pochádza z abnormálneho oplodneného vajíčka alebo prerastania tkaniva z placenty, v ktorej sa ženy javia ako tehotné (falošné tehotenstvo), preto sekvencia predstavuje iba dva chromozómy X a autozómy ženy. Boli použité viaceré sekvenčné technológie, ako napríklad sekvencery PacBio, Oxford Nanopore, 100X a 70X Illumina, aby sme vymenovali aspoň niektoré. Technologický pokrok v sekvenovaní viedol k sekvenovaniu zvyšných 8 %, ako je uvedené vyššie.
Jediným obmedzením sekvencie T2T-CHM13 je nedostatok Y chromozómu. Toto sekvenovanie v súčasnosti prebieha s použitím DNA z bunkovej línie HG002, ktorá má 46 (23 párov) s karyotypom XY. Sekvencia sa potom zostaví použitím rovnakých metód vyvinutých pre homozygotný genóm CHM13.
Dostupnosť T2T-CHM13 ako novej referencie genóm predstavuje veľký prielom, ktorý pomôže pochopiť úlohu heterochromatínových oblastí a pomôže podrobnejšie pochopiť ich účinky na bunkové procesy. Kým nebude dokončené sekvenovanie chromozómu Y, bude to slúžiť ako referenčný genóm pre budúce štúdie na pochopenie bunkových procesov a funkcií.
***
Referencie
- Nurk S, Koren S, Rhie A, Rautiainen M, Bzikadze AV, Mikheenko A a kol. Kompletná sekvencia a človek genóm bioRxiv 2021.05.26.445798; DOI: https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798
***
